El tercer poder del Estado es, de acuerdo a la Constitución y las leyes, la institución encargada de administrar justicia, a través de sus órganos especiales y jerárquicos llamados tribunales. Su función es asegurar el amparo, protección o tutela de los derechos que se hallan establecidos en las normas o leyes. El conjunto de todos estos tribunales constituye el Poder Judicial.

La estructura básica del Poder Judicial se rige por La Constitución Política (artículos 63 al 77) y por la Ley Orgánica del Poder Judicial (Ley No. 821 del 21 de noviembre de 1927 y sus modificaciones). Regulan su funcionamiento leyes especiales: el Código de Procedimiento Civil, el Código de Procedimiento Criminal, el Código de Trabajo, el Código Tributario, el Código de Niños, Niñas y Adolescentes, Ley de Procedimiento de Casación, La Ley de Registro de Tierras, la Ley No. 327-98 de Carrera Judicial y la Ley No. 46-97 de Autonomía presupuestaria del Poder Legislativo y Judicial.

El Poder Judicial es independiente de los demás Poderes del Estado. Goza de autonomía administrativa y presupuestaria, pero el monto de su presupuesto es asignado anualmente por el Poder Legislativo mediante la Ley de Gastos Públicos.

Los jueces de la Suprema Corte de Justicia son elegidos por el Consejo Nacional de la Magistratura, que se rige por la Ley 169 del 2 de agosto del 1997, y que está presidido por el Presidente de la República. En ausencia de éste, será presidido por el Vicepresidente de la República, y a falta de ambos, por el Procurador General de la República. Los jueces elegidos por el Consejo Nacional de la Magistratura son inamovibles.